События разворачиваются в 22ХХ году(в оригинале в это время происходили события Mega Man Zero).
Но при этом Х не погиб и Зеро не был помещен в анабиоз.

После, как казалось, окончательного уничтожения Сигмы наступило время мира. Все заботы MH(Maveric Hunters) свелись к уничтожению разрозненных остатков мавериков. После уничтожения уцелевших лидеров мавериков Х и Зеро "ушли в отставку" оставив рутину новым членам MH.

Но мир не мог длится вечно. На рубеже веков в 2200 году в солнечную систему прибыл неизвестный корабль. Он не был идентифицирован и не отвечал на попытки связи. Все -  и люди, и реплоиды, и роботы с замиранием сердца ждали развязки... и она произошла! Корабль упал на Луну уничтожив Селену, колонию расположенную там. Экспедиция направленная туда не обнаружила выживших ни в колонии, ни на корабле. Но в остатках корабля была обнаружена частично уцелевшая база данных. После расшифровки было установленно, что все данные сохранившиеся в ней относятся в основном к медицине и технике, а также что существа которым пренадлежал этот корабль были гуманоидами со схожим с людьми строением.

Главным из всего масива информации была технологии позволявшие создавать образы разума человека или реплоида, а также искуственные тела, почти идентичные настоящим! Это был путь к вечной жизни!